整治“小散乱污”企业，关键是要号准“病因”，对症下药。太仓通过大量走访调研，并在整治过程中发现诸多难点，并力求破解，以顺利推进“小散乱污”专项整治。
如何破解各方利益纠葛。小厂房大幅上扬的租金进一步加剧了各方对获利的期待，给整治带来了内部的阻力。村、社区的土地、厂房由于掌握在集体手中，还能顺利推进整治工作，而厂房土地都是个人的情况下，推进则十分困难。这样的情况不在少数。比如，太仓浏河富田工业园100余亩，每年给土地所有者带来200多万元甚至更高的不菲收益。他表面上支持整治，实际上抗拒整治。浏河镇采取多项举措，但收效并没有预期的明显。从中可以看出，整治工作的顺利推进关键要破解这种利益关系，也需要在整治过程中尽最大的可能减少这些土地、厂房所有者的损失，否则遇到阻力将会是空前的。
可否区别对待新老企业。上海拆违以后大量“小散乱污”企业入驻太仓，使原本隐性的问题变得触目惊心。调查中发现，“小散乱污”企业不是上海拆违之后才有，原本就有很多。但在整治过程中发现，这些过去存在的“小散乱污”企业由于年代久远，或三年，或五年，已经拥有了完备的手续。这些企业大都能响应政府的号召进行整改，但不愿彻底关停。这样的问题该怎么解决，需要探讨，值得研究。
如何防止卷土重来。“小散乱污”整治反复严重，经常是同一地点反复整治多次，且大多为不同企业，即同一地点A企业取缔后，B企业入驻，B企业还未完全搬离，C企业已经跃跃欲试。主要原因在于，一是在整治时无法对电表进行销户，产生反复；二是整治只能针对经营户进行，不能对房东进行约束；三是“小散乱污”企业多在非工业区，即使想正规化也无法完善手续，只能引进“小散”企业。因此，建议供电部门对“小散乱污”企业要严格控制用电，对违法企业要彻底断电，对农村居民三厢电要全部取消，从源头控制“小散乱污”问题。